Comment les scientifiques peuvent-ils arrêter la prochaine pandémie avant qu’elle ne démarre ?

Traduction d’un article du New York Times magazine par Jennifer Khan du 21/04/2020

Des chercheurs pensent qu’ils pourraient créer de manière préventive des vaccins et des médicaments pour lutter contre un large éventail de menaces virales — s’ils peuvent obtenir suffisamment de crédits

Par une froide matinée de février 2018, 30 microbiologistes, zoologistes et experts en santé publique du monde entier se sont réunis au siège de l’OMS à Genève. Le groupe a été constitué par l’Organisation mondiale de la santé en 2015 pour établir une liste prioritaire de virus dangereux, en particulier ceux pour lesquels aucun vaccin ou médicament n’était déjà en cours de développement. Le consensus, du moins parmi les participants, était qu’à mesure que les populations et les déplacements mondiaux continuaient de croître et que le développement s’étendait de plus en plus aux zones sauvages, il était presque inévitable que des épidémies locales autrefois maîtrisables, comme le SRAS ou le virus Ebola, puissent devenir des catastrophes mondiales.

« La réunion s’est déroulée dans une grande salle, avec toutes les tables disposées en cercle », a rappelé récemment l’un des membres du groupe, Peter Daszak. « C’était un processus très formel. Il a été demandé à chaque personne de présenter ses raisons pour inclure une maladie particulière dans la liste des principales menaces. Et tout est noté, vérifié et enregistré ».

Daszak, qui dirige le groupe de prévention des pandémies (EcoHealth Alliance), également président du Forum sur les menaces microbiennes de l’Académie nationale des sciences, de l’ingénierie et de la médecine, a fait une présentation sur le SRAS, un coronavirus mortel qui a tué environ 800 personnes après son apparition en 2002. (SARS signifie Severe Acute Respiratory Syndrome et est officiellement connu sous le nom de SARS-CoV-1.) « Nous avions fait beaucoup de recherches sur les coronavirus, nous savions donc clairement qu’ils représentaient un danger actuel », m’a-t-il dit. « Une mortalité élevée, aucun médicament ou vaccin en cours de développement, avec de nouvelles variantes qui pourraient encore apparaître ».

La discussion, dit-il, a été intense. « Tous les participants connaissent déjà les faits — ils ont lu toutes les recherches », a déclaré M. Daszak. Mais pour chaque agent pathogène, l’orateur a dû convaincre la salle qu’il représentait une menace importante — « que cette maladie pourrait vraiment prendre son essor, et que nous devrions nous concentrer sur elle plutôt que sur la fièvre de Lassa ou autre chose. Donc, vous plaidez la cause, et ensuite les gens votent. Et parfois, cela devient très chaud. Je me souviens que la variole du singe était un problème, parce qu’il y a des épidémies, mais il n’y a vraiment rien que nous puissions faire pour y remédier. C’était un débat vraiment rigoureux, vraiment excellent – et puis après, nous sommes allés manger une fondue ».

La liste finale — qui contenait le SRAS et le MERS, ainsi que sept autres virus respiratoires, hémorragiques ou mortels — comprenait également ce que l’OMS a appelé la « maladie X » : un substitut pour tous les pathogènes inconnus, ou des variations dévastatrices de pathogènes existants, qui n’avaient pas encore fait leur apparition. Daszak décrit le Covid-19, la maladie causée par le virus SRAS-CoV-2, comme étant exactement le type de menace que la maladie X était censée représenter : un nouveau coronavirus hautement infectieux, avec un taux de mortalité élevé, et aucun traitement ou prévention existant. « Le problème n’est pas que la prévention était impossible », m’a dit M. Daszak. « Elle était tout à fait possible. Mais nous ne l’avons pas fait. Les gouvernements pensaient que c’était trop cher. Les compagnies pharmaceutiques opèrent dans un but lucratif ». Et l’O.M.S., pour la plupart, n’avait ni le financement ni le pouvoir d’imposer la collaboration mondiale à grande échelle nécessaire pour la combattre.

Alors que le Covid-19 s’est répandu dans le monde entier, submergeant les hôpitaux, et même les morgues, la consternation a été générale quant à la façon dont nous avons été pris à partie par un virus. Compte tenu de toutes les avancées de la médecine de pointe — chirurgie contrôlée par ordinateur, immunothérapies sans précédent, programmes d’intelligence artificielle pour évaluer les risques de maladies cardiaques — cet échec est totalement déroutant. Comment le monde entier a-t-il pu rester aussi impuissant ? Plus important encore, qu’est-ce qui pourrait être différent la prochaine fois.

Selon certains experts en maladies infectieuses, les outils scientifiques existent déjà pour créer une sorte de département de défense virale — un département qui nous permettrait de poursuivre un large éventail de projets mondiaux vitaux, allant du développement de vaccins et de médicaments qui fonctionnent contre un large éventail d’agents pathogènes à la surveillance des points chauds de la maladie et à l’identification de virus potentiels à haut risque, connus et inconnus. Ce qui manque, ce sont les ressources. « Nous avons vraiment manqué le signal d’alarme », déclare M. Daszak. « L’alarme s’est déclenchée avec le SRAS, et nous avons appuyé sur le bouton “snooze” (sieste ?). Et puis nous l’avons relancé avec Ebola, avec le MERS, avec Zika. Maintenant que nous sommes réveillés, nous devrions réfléchir à ce qu’il faut faire à partir de là ».

Fin mars, Vincent Racaniello, animateur du podcast « This Week in Virology » (la semaine de la virologie) et professeur à l’université de Columbia, a réalisé une interview avec l’expert en maladies infectieuses pédiatriques Mark Denison. Denison, qui enseigne au centre médical de l’université Vanderbilt, a dirigé une équipe qui a développé l’un des traitements actuels les plus prometteurs pour Covid-19 : le médicament remdesivir, actuellement testé par la société pharmaceutique Gilead Sciences.

Lors de l’émission, Denison a fait remarquer que, comme il est presque impossible de prévoir quel virus pourrait être à l’origine de la prochaine pandémie, les chercheurs ont longtemps soutenu qu’il était essentiel de concevoir des médicaments et des vaccins multiviraux qui seraient efficaces contre un large éventail de souches : tous les types de grippe, par exemple, ou un groupe important de coronavirus plutôt qu’un seul. Lorsque son laboratoire a demandé pour la première fois une subvention pour étudier le remdesivir, a rappelé M. Denison, c’était déjà l’objectif. « Nous ne voulons pas travailler avec un composé à moins qu’il n’inhibe tous les coronavirus que nous testons », a déclaré Denison. « Parce que nous sommes inquiets pour le MERS, nous sommes inquiets pour le SRAS-1, mais ce n’est pas vraiment notre problème. Le problème, c’est l’avenir ».

Les médicaments multiviraux — qui fonctionnent à grande échelle au sein d’une même famille de virus ou entre plusieurs familles — sont plus difficiles à fabriquer que les antibiotiques à large spectre, en grande partie parce que les virus fonctionnent en détournant la machinerie de nos cellules, en exploitant leurs fonctions clés afin de se répliquer. Un médicament qui bloque l’une de ces fonctions (par exemple, la production d’une protéine particulière) perturbe souvent aussi quelque chose dont nos propres cellules ont besoin pour survivre. Les chercheurs ont commencé à trouver des moyens de contourner ce problème, en partie en affinant le processus que cible un médicament. Mais ils ont également commencé à tester les médicaments existants contre un plus grand nombre de virus. C’est justement dans le cadre d’un tel suivi que Gilead a découvert que le remdesivir, développé à l’origine pour traiter l’hépatite C et testé plus tard contre le virus Ebola, pourrait être efficace contre les coronavirus. (Le favipiravir, un médicament contre la grippe développé au Japon, est un autre candidat à large spectre). La raison pour laquelle les médicaments agissent parfois dans des maladies extrêmement différentes — dans le cas, par exemple, du virus Ebola et des coronavirus et de la grippe — est qu’ils bloquent un mécanisme commun. Le remdesivir et le favipiravir, par exemple, imitent chacun un élément clé de l’ARN d’un virus, qui, une fois inséré, empêche le virus de se répliquer. « Il est tout à fait possible de fabriquer un médicament qui fonctionnerait sur un grand nombre de coronavirus », explique M. Racaniello. « Nous aurions dû en avoir un il y a longtemps, depuis le SRAS en 2003. Il aurait permis de s’occuper de cette épidémie en Chine avant qu’elle ne se déclare. Et la seule raison pour laquelle nous ne l’avons pas fait, c’est qu’il n’y avait pas assez de soutien financier ».

Les vaccins multiviraux deviennent également une possibilité réelle. Ces dernières années, un certain nombre de vaccins antigrippaux universels ont été mis au point. Ils fonctionnent en ciblant non pas la tête globulaire du virus, qui mute facilement, mais sa tige, qui ne mute pratiquement pas. (Comme l’a fait remarquer M. Daszak, si cette épidémie avait été une grippe plutôt qu’un coronavirus, nous serions en bien meilleure forme). Une autre nouvelle approche, les vaccins à ARNm, fonctionne en exploitant l’ARN messager — une sorte de messager qui communique les instructions génétiques de fabrication des protéines — pour déclencher une réponse immunitaire. Les avantages des vaccins à ARNm sont potentiellement énormes, en partie parce qu’ils peuvent être fabriqués très rapidement (un mois au lieu de six pour une souche connue ; deux à trois mois pour un nouveau virus), mais aussi parce qu’ils peuvent être fabriqués à grande échelle (des milliards de doses, contre les 100 000 doses qui ont été nécessaires pour l’épidémie d’Ebola). Ils sont aussi extrêmement adaptables : si un chercheur peut développer une plateforme qui fonctionne avec ce coronavirus, il est facile de la reconcevoir pour le prochain. (Une start-up spécialisée dans l’ARNm, Moderna, a établi un record dans l’industrie pharmaceutique en créant un vaccin potentiel contre Covid-19, l’ARNm-1273, en seulement 42 jours, en utilisant la séquence génétique du virus. Le médicament est actuellement en phase 1 des essais cliniques pour être testé sur des volontaires sains). Et bien qu’aucun vaccin à ARNm n’ait encore reçu l’approbation de la FDA, le Covid-19 va presque certainement changer cela.

Mais pendant des années, note M. Racaniello, le véritable obstacle à la fabrication de médicaments ou de vaccins multiviraux a été que personne n’était prêt à payer pour leur développement. Pour les entreprises pharmaceutiques, souligne-t-il, les vaccins multiviraux sont tout simplement une proposition commerciale terrible : les entreprises doivent dépenser des centaines de millions de dollars pour mettre au point un vaccin que les gens recevront au plus une fois par an – et pas du tout les années où aucune maladie particulière n’est en progression.

Les traitements médicamenteux multiviraux ne sont pas rentables pour les mêmes raisons. D’une part, la durée du traitement est courte, généralement quelques semaines seulement ; pour les maladies chroniques (diabète, hypertension artérielle), les patients prennent des régimes de pilules tous les jours, souvent pendant des années. (Une personne a fait remarquer que le cours de l’action de Gilead a en fait chuté après que la société ait produit un médicament révolutionnaire contre l’hépatite C. comme le traitement a complètement guéri les patients, le marché pour ce médicament a commencé à se rétrécir, ce qui a sapé les résultats de la société).

L’autre problème est qu’il n’existe actuellement aucun moyen de tester rapidement la plupart des virus, ce qui est essentiel si un médecin veut établir un diagnostic et prescrire le bon médicament. Il en résulte, selon M. Racaniello, « une situation de poule et d’œuf » : personne ne développe de médicaments pour ces virus, car il n’y a aucun moyen de les tester. Et personne ne développe de tests, parce qu’il n’y a pas de médicaments à prescrire ».

Les gouvernements, quant à eux, se sont montrés réticents à financer le développement du multivirus — à la fois parce que cela coûte cher et parce que les retours (les profits) peuvent sembler lointains, d’autant plus que de nombreuses maladies ont leur origine dans d’autres pays. « Nous ne prévenons pas bien, nous réagissons bien », note M. Daszak. « Vous vous souvenez quand Obama a obtenu 5 milliards de dollars pour l’épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest et que les troupes américaines sont allées aider à résoudre le problème ? C’est héroïque. Comment est-ce héroïque, trois ans avant le virus Ebola, de dire : « Nous allons financer un programme massif en Afrique de l’Ouest pour aider ces pays pauvres à se préparer au cas où une épidémie se produirait ? On se moquerait de lui ! »

Des organisations mondiales à but non lucratif comme la Fondation Gates ont tenté de combler ce vide financier. La fondation a soutenu la GAVI, une alliance internationale qui aide à vacciner les enfants dans les pays pauvres et a été le fer de lance d’un fonds de lutte contre le V.I.H., la tuberculose et le paludisme dans le monde. Mark Suzman, le directeur général de la Fondation Gates affirme que lorsque les gouvernements et les entreprises s’unissent, l’accent est souvent mis sur des projets comme ceux-ci plutôt que sur des questions « prospectives » comme les pandémies ou le changement climatique. Une exception, dit-il, est la CEPI, la Coalition for Epidemic Preparedness Innovations, (Coalition pour les innovations en matière de préparation aux épidémies) une ONG qui a été fondée en 2017 pour coordonner et financer le développement de nouveaux vaccins contre les maladies qui pourraient conduire à une pandémie. Au début, m’a dit M. Suzman, la CEPI était un projet discret : « C’était en fait une réponse à l’épidémie d’Ebola de 2014 et 2015. Maintenant, bien sûr, ça semble incroyablement clairvoyant ».

La CEPI travaille en identifiant les recherches les plus prometteuses, puis en les reliant aux ressources de l’industrie et du gouvernement, afin d’amener plusieurs séries de vaccins « candidats » aux premiers essais cliniques. L’objectif est de créer un stock de traitements potentiels pour les coronavirus connus, les fièvres hémorragiques et d’autres menaces mondiales qui pourraient rapidement entrer en production en cas d’épidémie. M. Daszak a fait remarquer que la CEPI mène un essai pour un vaccin contre le virus Nipah, un virus zoonotique — qui existe chez les animaux, mais peut infecter l’homme — qui peut provoquer une maladie respiratoire aiguë et une encéphalite mortelle. « C’est l’exemple classique », déclare M. Daszak. « Jusqu’à présent, il n’y a eu que quelques foyers, le marché est donc minuscule : quelques milliers de personnes par an en sont atteintes, en Malaisie ou au Bangladesh. Mais il infecte un large éventail d’animaux, ce qui signifie qu’il est susceptible de continuer à se propager chez les humains. Et si jamais elle se déclenchait, ce pourrait être une pandémie aux conséquences très mortelles ».

Le groupe finance également des technologies visant la « maladie X » (les virus potentiellement pandémiques que nous n’avons pas encore découverts) dans le but d’accélérer le développement de vaccins si une menace totalement nouvelle devait apparaître. Comme me l’a dit Jake Glanville, dont la société, Distributed Bio, a reçu une subvention de la Fondation Gates pour créer un vaccin universel contre la grippe, « c’est ainsi que nous gagnons la guerre éternelle, et pas seulement les batailles contre ces agents pathogènes ».

La CEPI n’est pas le seul groupe à essayer de trouver des solutions aux problèmes des médicaments et des vaccins. Aux États-Unis, un collectif universitaire financé par le gouvernement fédéral, appelé Antiviral Drug Discovery and Development Center (Centre de découverte et de développement de médicaments antiviraux) (AD3C), a été créé en 2014, avec pour objectif de développer des médicaments contre la grippe, les flavivirus (dont le virus du Nil occidental), les coronavirus et les alphavirus. Comme le CEPI, l’AD3C travaille en partenariat avec des sociétés pharmaceutiques, mais se concentre sur la récupération et la reformulation de médicaments prometteurs qui pourraient être utiles, mais dont la société pharmaceutique n’est pas intéressée à poursuivre. (Lorsque Gilead a découvert que le remdesivir agissait sur les coronavirus, par exemple, le traitement a été confié à AD3C, qui a fait appel à des scientifiques de l’université Vanderbilt et de l’université de Caroline du Nord pour le reconvertir à ce nouvel usage).

Amesh Adalja, un universitaire spécialisé dans la préparation aux maladies infectieuses et aux pandémies au Centre de sécurité sanitaire de l’université Johns Hopkins, m’a dit que de telles approches vont être « déterminantes » pour prévenir tout ce qui pourrait survenir après le Covid-19. « Au lendemain de cette pandémie, les gens vont se rendre compte que dépenser de l’argent dans des organisations comme la CEPI est un bon investissement — surtout quand on sait à quel point le fait d’avoir un vaccin contre le coronavirus aurait compensé les dégâts, la destruction et les perturbations que nous avons constatés ».

Malgré ces efforts, il reste un problème majeur : on sait peu de choses sur les menaces virales qui pèsent sur la planète. Les virus représentent environ deux tiers de tous les agents pathogènes humains nouvellement découverts, soit bien plus que les bactéries ou les champignons. Au cours de l’évolution humaine, nous avons été exposés à un tel nombre de virus qu’environ 8 % du génome humain est constitué de séquences d’ADN rétrovirales qui se sont insérées dans la lignée germinale humaine, souvent à notre avantage. (On pense qu’un ancien virus est responsable du développement du placenta humain, par exemple).

Paradoxalement, les virus ne tirent aucun avantage du fait qu’ils rendent les gens gravement malades ; c’est simplement un sous-produit de la rencontre. Au fil des ans, ou parfois des siècles, les virus et les hôtes parviennent généralement à un compromis : Ils coexistent. En général, les virus les plus dangereux sont ceux qui ont pénétré dans l’organisme humain à partir d’autres espèces, comme cela s’est produit avec le Covid-19. C’est en partie parce que la maladie est nouvelle, notre système immunitaire n’a donc pas eu la possibilité de créer des anticorps. Mais c’est aussi parce qu’un virus inconnu est plus susceptible de provoquer une surcharge de notre système immunitaire, potentiellement mortelle.

Pour quiconque espère identifier l’origine de la prochaine pandémie, la difficulté est qu’il y a littéralement des millions de virus à analyser. Un article a récemment estimé qu’il y avait 1,6 million de virus potentiellement zoonotiques, dont moins de 1 % ont même été identifiés. « Une chose dont nous avons absolument besoin, c’est de meilleurs tests de diagnostic là où nous recherchons réellement ces pathogènes émergents chez les gens », dit M. Adalja. « Parce qu’il y a déjà beaucoup, beaucoup de cas ponctuels que personne ne diagnostique jamais, mais qui pourraient être le premier signe d’un nouveau virus se propageant dans une espèce humaine ». Si la grippe et les coronavirus sont des menaces de pandémie connues, ils sont loin d’être les seuls. Les virus Nipah et Hendra sont des paramyxovirus mortels qui sont apparus chez les chauves-souris au cours des trois dernières décennies. Marburg est une fièvre hémorragique hautement létale comme Ebola, mais sans vaccin ni traitement en cours de développement. (Des dizaines d’autres virus hémorragiques existent également, mais n’ont pas encore fait le saut jusqu’à l’homme).

Un argument contre ce genre de travail est que le risque qu’un seul virus provoque une pandémie est faible. La plupart des virus ne sont tout simplement pas équipés pour passer des animaux aux humains – et même lorsqu’ils le font, la plupart ne sont pas capables de se répliquer de manière à devenir dangereux ou à se propager d’une personne à l’autre. Le problème, selon M. Daszak, est que lorsque vous multipliez un évènement de 10 millions de personnes par le nombre total d’interactions entre les animaux et les humains, la probabilité n’est pas si faible après tout. « Il est vraiment facile de démontrer scientifiquement qu’il s’agit d’évènements rares et que nous ne devrions pas nous en préoccuper », a-t-il ajouté. Le V.I.H., par exemple, était à l’origine présent chez les primates et ne s’est répandu dans la population humaine qu’une dizaine de fois en un siècle ; à chaque fois, il s’est rapidement éteint — jusqu’à ce qu’il ne le fasse plus. « Statistiquement, quand on regarde la probabilité qu’un virus puisse, dans un premier temps, pénétrer dans une personne, puis se répliquer, et ensuite se transmettre par voie sexuelle, la probabilité semble minuscule ! Mais ce que nous n’avons pas su apprécier, c’est à la fois l’adaptabilité des virus et les dimensions de l’interface homme-faune ».

Dans l’espoir d’obtenir une estimation plus précise des virus qui pourraient constituer une menace, M. Daszak s’est récemment rendu dans une région rurale de la province du Yunnan, en Chine, et a prélevé des échantillons de sang sur les personnes qui y vivent, à la recherche d’anticorps qui montreraient combien de fois elles ont été exposées aux coronavirus des chauves-souris. (Les anticorps détectables durent généralement deux à trois ans après une infection.) « Il ne s’agissait que des coronavirus de chauves-souris – pas de tous les autres trucs qui existent », a déclaré M. Daszak. « Et nous avons découvert que 3 % de la population avait été exposée — ce qui me dit que ces choses se répandent à une vitesse incroyable, dans le cadre des activités quotidiennes dans la Chine rurale. »

Ce qui signifie, selon Daszak, qu’entre un et sept millions de personnes par an en Asie du Sud-Est attrapent des coronavirus de chauves-souris. « Pour la plupart d’entre eux, cela ne provoque probablement même pas de maladie. Il y a peut-être eu quelques petites épidémies qui n’ont jamais été remarquées, ou des cas où des gens sont même morts, et où cela a été attribué à la grippe ou à quelque chose comme ça ». Il a fait une pause. « Mais c’est un niveau de débordement énorme. Il n’est pas difficile d’imaginer qu’une de ces infections puisse muter un peu et devenir Covid-19 ». Le contrôle des niveaux d’émergence potentiels est un défi – et l’effort nécessaire pour suivre et tester rigoureusement la faune sauvage l’est encore plus. Comme l’a fait remarquer M. Racaniello, « Nous savons depuis l’épidémie de SRAS que les chauves-souris abritent de dangereux coronavirus. Il est donc évident que les chauves-souris sont à surveiller. Mais même dans ce cas, ce n’est pas facile. Vous devez ramper dans une grotte à chauves-souris, vous devez les attraper d’une manière ou d’une autre. C’est un travail fastidieux et couteux. »

Aux États-Unis, par exemple, certaines espèces de souris hébergent l’hantavirus, qui infecte périodiquement les gens, le plus souvent lorsqu’ils inhalent des crottes de souris en aérosol —, par exemple, lorsqu’ils balayent une cabine ou un garage poussiéreux. Comme l’infection, qui commence comme une grippe, mais qui est mortelle dans 38 % des cas, ne se transmet pas (encore) de personne à personne, le risque de pandémie est actuellement faible, explique M. Racaniello. « Une bonne question est de savoir ce qu’il faudrait faire pour que ce virus devienne transmissible d’homme à homme ? Et aussi, qu’est-ce que les souris ont d’autre qui pourrait être une menace pour les gens ? Mais les souris des États-Unis ont à peine été échantillonnées, en termes de virus qu’elles portent ».

Sous l’administration Obama, un programme américain appelé PREDICT a été créé pour combler cette lacune, en utilisant la surveillance biologique et la modélisation prédictive pour identifier les sources les plus probables de zoonoses. Au cours des dix années d’existence du programme, les chercheurs ont découvert plus d’un millier de nouveaux virus zoonotiques potentiels, dont une souche Ebola inconnue. (Daszak, dont le groupe a reçu un soutien financier du PREDICT, a qualifié le projet de « visionnaire »). Après la fin du financement du programme en septembre, peu avant le début de l’épidémie de coronavirus, l’administration Trump a autorisé deux prolongations successives de six mois. Un porte-parole de l’U.S.A.I.D. a déclaré qu’en septembre, il y aura « une transition planifiée » vers un nouveau programme de prévention, Stop Spillover, avec un budget proposé de 50 à 100 millions de dollars sur cinq ans. « Pour que ce genre de programmes fonctionne, il faut être patient », m’a dit M. Racaniello. « Mais ces projets coutent aussi de l’argent, et ils ne semblent pas nécessairement produire beaucoup à court terme, donc ce sont les choses les plus faciles à couper quand on veut réduire un budget ».

Un des défis pour les chasseurs de pandémie est de comprendre quels animaux sont les plus susceptibles d’être à l’origine des virus. Les chauves-souris, qui sont les premiers porteurs de nombreux virus zoonotiques, transmettent rarement ces maladies directement à l’homme. (Une étude a révélé que les chauves-souris en Chine abritent plus de 500 coronavirus différents, mais qu’elles sont également porteuses de paramyxovirus, de la grippe et de virus hémorragiques comme le virus Ebola). Le plus souvent, a expliqué M. Daszak, les chauves-souris infectent un autre animal, qui nous infecte ensuite. « Environ un cinquième de tous les mammifères sont des chauves-souris », souligne M. Daszak. « Et elles sont partout dans le monde. Nous ne nous en rendons pas compte, car elles volent la nuit. Mais elles sont là, à faire caca partout, tout comme les cerfs et les oiseaux, sauf que nous ne les voyons pas ». (Il convient de noter que, parmi les milliers d’espèces de chauves-souris, seules quelques-unes — comme la chauve-souris frugivore et la chauve-souris en fer à cheval — sont actuellement considérées comme les principaux réservoirs de zoonoses).

Les chauves-souris volent également, peuvent vivre longtemps et se développent dans une grande variété d’habitats, ce qui signifie que nous, et d’autres animaux sommes plus susceptibles d’entrer en contact avec elles qu’avec d’autres espèces. M. Racaniello a évoqué une épidémie en Australie dans les années 1990, provoquée par des chauves-souris qui ont commencé à fréquenter une écurie de course, infectant les chevaux, qui ont ensuite transmis la maladie à leurs entraineurs humains. En Malaisie, le virus Nipah est apparu chez les porcs, dans des fermes d’une région qui abritait des chauves-souris frugivores. Au Moyen-Orient, le coronavirus MERS — qui provient très probablement d’une chauve-souris — est devenu endémique chez les chameaux qui, à un moment donné, ont commencé à le transmettre aux humains.

« Avant cette épidémie, il n’aurait pas traversé l’esprit de quiconque de chercher un virus pandémique dans les chameaux », a déclaré M. Racaniello. « Il en va de même pour beaucoup de choses. Par exemple, nous savions que les chauves-souris étaient porteuses de coronavirus semblables à ceux du SRAS, mais ce n’est que lorsqu’ils ont commencé à chercher la cause de la première épidémie de SRAS qu’ils ont découvert qu’elle était passée des chauves-souris aux civettes, ce qui nous a permis de l’attraper. Mais comme pour tous les autres animaux du monde, nous n’en avons pratiquement aucune idée ! Alors, je pense qu’il faut juste jeter un très large filet ».

Pour ce faire, M. Daszak a contribué à la création d’un projet ambitieux appelé « Global Virome Project », qui vise à identifier 70 % des quelque 1,6 million de virus potentiellement zoonotiques sur une période de dix ans, pour un cout de 1,2 milliard de dollars. « Nous avons trouvé le virus le plus proche de l’actuel SRAS-CoV-2 chez une chauve-souris en Chine en 2013 », m’a dit M. Daszak. « Nous avons séquencé une partie du génome, puis il est allé dans le congélateur ; parce qu’il ne ressemblait pas au SRAS, nous avons pensé qu’il avait moins de risque d’apparaître. Avec le projet Virome, nous aurions pu séquencer l’ensemble du génome, découvrir qu’il se lie aux cellules humaines et augmenter le risque. Et peut-être que lorsque nous avons conçu les vaccins contre le SRAS, ceux-ci auraient pu cibler celui-ci aussi, et nous aurions eu quelque chose dans le congélateur prêt à être utilisé s’il apparaissait ».

Racaniello soutient cette stratégie — « j’aime personnellement l’approche “tester chaque créature sur terre” — mais reconnait qu’il existe aussi des moyens de réduire le champ d’action. Les virus zoonotiques à risque, a-t-il noté, sont plus susceptibles d’être trouvés chez les mammifères ou les oiseaux ; tout le reste est simplement un saut génétique trop important. Au sein de ce groupe, les animaux qui sont plus proches de nous sur le plan de l’évolution sont également plus à risque, car nous partageons davantage de récepteurs que les virus utilisent lorsqu’ils infectent une cellule.

Un autre facteur de risque est simplement la probabilité que nous soyons en contact avec un animal particulier, que ce soit dans le cadre d’activités comme l’exploitation forestière, le commerce d’animaux sauvages ou l’agriculture. (On pense que la rougeole est née de la domestication du bétail, tandis que les porcs et les poulets sont porteurs de la grippe porcine et de la grippe aviaire). Mais s’il existe des vaccins pour certains animaux domestiqués — il y en a un qui fonctionne bien pour le coronavirus chez les poulets, et les chercheurs ont récemment créé un vaccin MERS pour les chameaux — il n’y a aucun moyen de vacciner les animaux sauvages, ni même les animaux urbains comme les souris.

“C’est pourquoi nous devons étudier ces choses”, explique M. Daszak. “Nous avons montré à maintes reprises que toute maladie, une fois qu’elle est en mode de transmission d’homme à homme, va arriver aux États-Unis. Nous avons dit, à propos d’Ebola, que parce qu’elle n’est pas respiratoire, elle ne va jamais sortir d’un village ou d’un pays. Et c’est ce qu’il a fait ! Et si vous obtenez une version avec un temps d’incubation asymptomatique plus long, comme nous l’avons fait avec Covid-19, imaginez à quoi cela pourrait ressembler”.

Dans le sillage de la pandémie Covid-19, de nouveaux systèmes de coopération et d’investissement mondiaux ont commencé à voir le jour. Fin mars, la Fondation Gates a mis en place un accélérateur thérapeutique Covid-19 pour tester un grand nombre de médicaments et de composés existants qui n’avaient pas été mis sur le marché, afin de voir s’ils pouvaient fonctionner sur d’autres maladies.

Le criblage, effectué par l’Institut Rega en Belgique, permettra de scanner et de tester 14 000 composés dans une bibliothèque du Scripps Research Institute, ainsi que dans les bibliothèques exclusives de 15 sociétés pharmaceutiques, dont Bristol-Myers Squibb, Eli Lilly, Merck, Novartis et Pfizer, en vue d’éventuels traitements croisés. Comme la plupart des médicaments ont déjà été testés pour leur sécurité, ils doivent être testés uniquement pour leur efficacité, ce qui accélère le processus.

La volonté de partager des composés brevetés, dit Suzman de la Fondation Gates, est “plutôt sans précédent”. Et si cette collaboration se concentre actuellement sur le Covid-19, on espère qu’après la crise actuelle, cette même collection pourra être examinée pour des projets plus ambitieux – comme un médicament anticoronavirus à large spectre. “Je suis optimiste — prudemment optimiste — que c’est une sorte de précédent”, a déclaré Mme Suzman. “Et qu’il conduira à une collaboration mondiale plus importante et meilleure en matière de santé”.

Monalisa Chatterji, une microbiologiste qui fait partie de la branche de la Fondation Gates chargée de la recherche sur les médicaments, est d’accord. “La conversation a commencé” pour les futures pandémies, m’a-t-elle dit. “Devrait-il y avoir une bibliothèque partagée permanente de médicaments inutilisés que les laboratoires de recherche pourraient tester ? Devrait-on faire la même chose pour les diagnostics ? Devrait-il y avoir au moins un accord où chaque entreprise a déjà accepté de donner accès à sa bibliothèque en cas de pandémie ? Elle a ajouté : ‘Cela semble petit, mais ce sont ces petites choses qui mangent le temps quand il est important.

La grande question, selon presque tous ceux à qui j’ai parlé, est de savoir si nous parviendrons à maintenir cette volonté politique et financière au fil du temps. Racaniello et Daszak se souviennent tous deux d’avoir été sûrs qu’après le SRAS et le virus Ebola, la prévention des pandémies serait une priorité ; au contraire, chaque épidémie a été rapidement oubliée. Et s’il est difficile d’imaginer qu’on puisse oublier la catastrophe actuelle, les chercheurs craignent que les financements et l’attention ne s’estompent à nouveau face à des pressions concurrentes. Comme l’a fait remarquer M. Rancaniello, les budgets combinés des National Institutes of Health et de la National Science Foundation pour 2019 s’élevaient à 47 milliards de dollars, soit moins de 7 % des 686 milliards de dollars alloués à la défense. ‘Je dirais que les virus constituent une menace tout aussi importante que celle qu’une mauvaise nation représenterait pour l’armée’, a déclaré M. Racaniello.

Ou comme l’a dit Daszak : ‘Nous ne réfléchissons pas à deux fois au cout de la protection contre le terrorisme. Nous allons sur le terrain, nous écoutons les chuchotements, nous envoyons les drones — nous avons toute une série d’approches. Nous devons commencer à penser aux pandémies de la même manière’.


Jennifer Kahn contribue à la rédaction du magazine et enseigne dans le cadre du programme des magazines à l’Université de Californie, Berkeley, Graduate School of Journalism. Elle a écrit pour le magazine sur la technologie de l’entrainement des gènes.

Une version de cet article est publiée le 26 avril 2020 à la page 47 du Sunday Magazine, avec le titre : comment stopper la prochaine pandémie.

Une réflexion sur “Comment les scientifiques peuvent-ils arrêter la prochaine pandémie avant qu’elle ne démarre ?

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